Los ecosistemas pueden clasificarse de varias formas según qué criterio, como por ejemplo:
• Las características del medio; si es un medio acuático, terrestre o mixto (agua y tierra).
• El tamaño del ecosistema, es decir, el espacio que ocupan; pequeños (charca), medianos (laguna), grandes (mares y océanos)...
• Si han sido modificados o no, por la intervención del ser humano; las construcciones, la agricultura, carreteras,... o que por el contrario no estén modificados, como bosques tropicales, desiertos, ecosistemas de alta montaña, los fondos oceánicos...